再说元朝方面。其实自1354年，元相脱脱南征失败后，元朝实际上陷入了一种军阀混战割据之局面。当然，这与刘福通的北方红巾军北伐，将元朝的统治结构彻底瓦解更有关。 在朱元璋北伐之前，朱元璋名义上的上级-韩宋小明王政权其实已经发动过一次北伐。
元至正十七年，公元1357年。此时夺取了北宋旧都汴梁，并于此定都的韩宋小明王政权，下令各部出师北伐。 首先出兵的是占据山东，韩宋益都行省平章毛贵。毛贵北伐军一直攻至大都城外的柳林(今北京市通州区)附近。后直至察罕帖木儿，孛罗帖木儿回军，在柳林击败毛贵后，元廷这才稳住阵角。 其次出兵的是关先生，破头潘的大军。这支大军从山东出发，绕道今山西，居然占据大同，雁门，元上都。
以此为根据地，最后竟然占据辽东，攻入高丽。这等于在大都周围建起根据地。这股红巾军，是除朱元璋北伐外，对元廷打击最大的一支反元力量。它基本破坏了元廷在原中书省直辖地区的统治基础。元廷直属力量至此龟缩在大都城，基本名存实亡。名义上属元廷的北方，实则在各路表面拥护元朝，实则割据自立的军阀的手中。
就在这危机关头，元朝朝廷分裂成以元顺帝妥懽帖睦尔为首的帝党，以及以高丽人奇皇后，太子爱猷识理答腊为首的后党。帝党结好割据大都周围，占据今河北，山西北部的军阀孛罗帖木儿;而后党结好占据今河南大部，山西南部的军阀扩廓帖木儿(也就是王保保)。而陕西，甘肃则落入李思齐，张良弼这么一群拥元的汉人军阀手中。 1363年，此时南方朱元璋正在全力消灭陈友谅创立的陈汉。
本来，此时元朝各派若能倾力南下，反元拥元两股力量，谁胜谁负也不可知。可就在这一年，元廷帝党，后党开启一次摊牌式的政争，并引发孛罗帖木儿，扩廓帖木儿之间大混战。这一年三月，后党成员，奇皇后的高丽同乡，高丽籍宦官朴不花，联合后党成员搠思监，准备逼元顺帝退位。
而要逼顺帝退位，就要扳倒在大都附近拥有强大实力的孛罗帖木儿。于是，他们迫使顺帝下旨，削夺孛罗军权官职，并命扩廓帖木儿讨伐。由此引发元廷内讧。
四月，孛罗以“清君侧”为名，兵进大都，迫使顺帝交出朴不花，搠思监。同时，将太子逼入扩廓帖木儿处。开始与扩廓帖木儿混战。这场混战引发了拥元各派间大战。后来，扩廓帖木儿击败孛罗。顺帝一看，孛罗帖木儿成了众矢之的，为保自身安全，便派刺客杀孛罗。封扩廓为右丞相。但扩廓没有按奇皇后意思，逼顺帝退位，他便无法获得后党支持，自然在朝廷无法立足，于是，扩廓请还视师。
1365年，顺帝封扩廓为河南王，命其肃清江淮。此时，朱元璋正与张士诚对立。要是扩廓插上一脚，朱元璋不可能那么毫无顾忌的平灭张士诚一统江南。 但王保保这回又打起算盘。他以“南征”为名，征调割据陕甘一带的汉人军阀李思齐，张良弼，孔兴等人部队。实则是调虎离山，欲占据陕西。这陕西的拥元军阀也不甘示弱，他们在西安唐大明宫含元殿旧址会盟，共推李思齐为盟主。由此开始元廷内部新一轮军阀混战。
大都元廷眼瞅着王保保不南下，反倒和李思齐内斗。大为不满。1367年10月，元顺帝下诏，免扩廓帖木儿太傅，左丞相职。扩廓接诏后，退居山西，开始杀辖区内元朝官吏。元顺帝下圣旨，调天下兵马，讨伐扩廓帖木儿。转过年，就是1368年了。
可元朝方面，大都元廷，扩廓帖木儿，李思齐还在这儿三方混战。此时，明朝北伐大军已到了山东。到了闰七月，明军已渡黄河，顺帝才下令复扩廓帖木儿一切官爵职务，命其统领天下兵马。可扩廓帖木儿得到圣旨后，却驻兵山西，坐观成败。直到八月二日徐达大军攻入大都，元顺帝北逃，元朝灭亡为止。
最后，节录一段《元史-顺帝纪》中，元顺帝决定北逃时朝会上的一段君臣对话：“ …天下者，世祖之天下!陛下宜死守，奈何弃之?!” “今日之事，朕岂可复为徽 钦乎!”
